El plan de ataque a Pearl Harbor fue obra del almirante jefe de la Flota Combinada, Isoroku Yamamoto, quien paradójicamente no creía que Japón pudiera ganar una guerra con Estados Unidos y así lo había advertido al Estado Mayor de la Armada —«No se debe librar una guerra con unas probabilidades tan pequeñas de victoria», había escrito en su informe—. Pero Yamamoto pensaba que si la guerra finalmente estallaba su obligación era explorar la más mínima posibilidad que hubiera de ganarla. Así desde la firma del Pacto Tripartito en septiembre de 1940, al que se había opuesto porque estaba convencido que conduciría a la guerra con las potencias occidentales, había comenzado a diseñar la estrategia de la guerra en el Pacífico, llegando a la conclusión de que la única opción de victoria para Japón era asestar un golpe decisivo al inicio de la guerra que quizá obligara a Estados Unidos a negociar, y que ese golpe debía ser el ataque a la flota estadounidense del Pacífico en su propia base de Pearl Harbor, en las islas Hawái. Una idea descabellada, y así se lo pareció al embajador norteamericano en Tokio Joseph Grew, cuando a finales de enero de 1941 le llegaron «rumores de guerra» de que «las fuerzas militares japonesas estaban planeando un ataque sorpresa masivo en Pearl Harbor».
Genda y Onishi se pusieron a trabajar inmediatamente en la solución de los problemas que planteaba el uso de torpedos. Con la ayuda de los técnicos consiguieron reducir drásticamente la profundidad a la que tenían que hundirse para poder dirigirse al blanco, y adiestraron a los pilotos para volar muy bajo y disminuir así la posibilidad de que los torpedos se empotrasen en el fondo marino cuando eran lanzados desde los aviones. En septiembre comenzaron los ejercicios de simulación bélica en la bahía de Kinko, en Kagoshima, elegida por su parecido con Pearl Harbor. Ninguno de los pilotos que participaron sabía cuál era el objetivo. A finales de septiembre el plan de ataque a Pearl Harbor ya estaba listo. Además de Genda y Onishi, el principal colaborador de Yamamoto en su elaboración final había sido Kameto Kuroshima, un extravagante oficial de planificación al que Yamamoto estimaba mucho porque le ofrecía soluciones que nunca se le habían ocurrido a él y que se atrevía a contradecirle.30En febrero de 1941 Yamamoto le envió una carta, por medio del contraalmirante jefe de la Undécima División Aérea Takijiro Onishi, al capitán Minoru Genda, miembro de la plana mayor de la Primera División Aérea y el mejor piloto de la Armada Imperial, en la que le pedía que «investigara pormenorizadamente la viabilidad de un plan de ataque» con aviones a Pearl Harbor, reconociendo que «no sería fácil llevar a cabo algo así». En la carta le decía que se trataba de «asestar un golpe a la flota estadounidense en Hawái, de forma que, durante un tiempo, Estados Unidos no pudiera avanzar hacia el pacífico occidental». Dos meses después Yamamoto recibió la contestación redactada por el contraalmirante Takijiro Onishi que le decepcionó porque él y Genda sólo hablaban de bombardeos en picado y en altura y habían descartado el uso de torpedos lanzados desde los aviones debido a la escasa profundidad de las aguas de Pearl Harbor —los torpedos japoneses necesitaban unos treinta metros para no incrustarse en el fondo y dirigirse hacia su objetivo, mientras que la profundidad media en Pearl Harbor era de doce metros—. Pero Yamomoto insistió en que era posible el ataque con torpedos y respondió que habría que mejorarlos y entrenar a los pilotos en su uso.29
Inicialmente el plan de ataque a Pearl Harbor presentado por Yamamoto fue rechazado por el Estado Mayor de la Armada Imperial por ser demasiado arriesgado y por emplear demasiados recursos navales que serían necesarios en otros escenarios bélicos ya que se requerían seis de los diez portaaviones con que entonces contaba la Armada Imperial. Pero Yamamoto no se conformó y envió a Tokio a Kuroshima para que defendiera el plan y como último recurso amenazara con su dimisión y la de todo su equipo si no se aceptaba. El 20 de octubre el Estado Mayor cedió —no podían perder al marino de más prestigio de la Armada— y lo aprobó, a pesar de las dudas que seguía suscitando el plan.31
La fecha para el ataque se fijó en el lunes 8 de diciembre (domingo, 7 de diciembre en Hawái y Estados Unidos) porque la luna proporcionaría ese día una luz favorable que facilitaría el vuelo de los aviones japoneses antes de que amaneciera.
